海南醫學院醫學教育研究所成立于2009年12月，隸屬教務部（招生辦公室）管理。2010年12月，醫學教育研究所正式從教務部（招生辦公室）獨立出來，成為學校二級科研機構。

其主要職能為制定學校教學研究的相關文件和規章制度；及時提供國內外高等教育發展的動態及學術交流信息；負責組織各級教育科研（含人文社科）項目的申報、檢查和結題工作；校級教學成果獎的申報、評選，并擇優推薦參加省級教學成果獎的評選；全校教研論文的獎勵；教育科研的培訓、指導等工作。

醫學教育研究所將秉承文明禮貌的服務宗旨，不斷提升工作作風，提升管理和服務水平，重視醫學教育的研究與管理，加強同各級學會和國內外高等院校的溝通、交流，努力為全校師生搭建一個良好的學術服務平臺。