（1）海南本土自然疫源性熱帶病分子流行病學研究：開展對海南重要動物宿主、媒介節肢動物及動物種質資源攜帶病毒、細菌、立克次體及寄生蟲等病原的病原譜進行分子流行病學研究，了解海南自然疫源性熱帶病及其病原譜本底，探討病原體在海南自然界存在的種類、多態性、與生態環境變化關系以及對人類潛在的威脅。

（2）臨床疑似熱帶病癥候群攜帶病原的分子流行病學研究：開展對海南不明原因的發熱、腹瀉、發熱伴出疹、發熱伴出血等疑似熱帶病癥候群患者樣本攜帶病原的分子流行病學研究，獲得海南疑似熱帶病癥候群病原譜特征。